Envie o arquivo .SQL para a sua área de hospedagem ou servidor por FTP para uma nova pasta (crie uma nova pasta somente para o arquivo, por exemplo "backup")
Acesse o servidor por SSH (Exemplo: usando o Putty)
Supondo que o arquivo esteja no diretório "backup", digite o comando:
cd backup (para entrar na pasta backup)
Para listar o arquivo rode o comando:
ls -al
Ele será exibido da seguinte forma:
-bash-4.0$ ls -al
-rw-r--r--+ 1 logindeFTP logindeFTP 227787 Oct 28 14:48 backup.sql
-rw-r--r--+ 1 logindeFTP logindeFTP 227787 Oct 28 14:48 backup.sql
Agora você precisa restautar o arquivo no mysql, para isso execute o comando:
mysql -h localhost -u SeuLogin -pSuaSenha -D SeuBD < backup.sql
Atenção! Não dê espaço ao informar a senha do banco de dados no parâmetro -p.
Para resolver possíveis problemas de acentuação, é possível forçar a restauração como:
Europeu Ocidental (Latin1, iso-8859-1), usado muito no Brasil e no ocidente da Europa.
mysql -h localhost -u SeuLogin -pSuaSenha -D SeuBD --default-character-set=latin1 < backup.sql
Para unicode (utf-8), internacional, com suporte a vários idiomas, inclusive asiáticos utilize:
mysql -h localhost -u SeuLogin -pSuaSenha -D SeuBD --default-character-set=utf8 < backup.sql