Nunca remova os arquivos e as pastas criadas pelo servidor em sua conta de hospedagem e que estejam fora da pasta /public_html. Cada arquivo e pasta que está dentro de sua conta servem para deixá-la em pleno funcionamento e cada uma delas possui uma função. Veja o exemplo abaixo das pastas que você não pode apagar ou até mesmo renomear.
Lembre-se que ao apagar qualquer um dos arquivos acima a sua conta poderá parar de funcionar e somente uma nova instalação da hospedagem poderá corrigir o problema. Você ainda corre o risco de perder todos os seus arquivos e configurações.
Em caso de dúvidas, consulte o nosso suporte técnico.