Não. Nunca apague os arquivos e as pastas que o servidor criou em sua conta. Como "Public_html", "www", entre outras. Cada arquivo e pasta que está dentro de sua conta servem para deixá-la em pleno funcionamento e cada uma delas tem uma função. Veja o exemplo abaixo das pastas que você não pode apagar ou até mesmo renomear.
Lembre-se que ao apagar qualquer um dos arquivos acima sua conta poderá parar de funcionar e somente um novo setup poderá corrigir o problema de sua conta. Você ainda corre o risco de perder todos os seus arquivos e configurações. Na dúvida consulte o nosso suporte técnico, tudo o que você precisa para colocar o seu site no ar é da pasta public_html, basta enviar todos os seus arquivos para dentro dela.